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2014年学校官网显示，学校建有南通地区唯一的国家级化工行业特有工种技能鉴定站——江苏省农药废水处理与资源化技术研发中心，建筑节能及保温技术、数控机床加工精度2个市级重点实验室，数控技术、建筑工程、精细化工、楼宇弱电系统科技服务4个市级公共服务平台，电子信息、项目管理、应用化工、环境工程、民营企业5个校级研究所。

2009年，学校获得年度市社科基金项目一般课题2项; 2010年，南通职大共计获得各类科技项目7项，资助经费57万元。

2013年，学校陈蔓生、吴明圣合著论文《基于南通沿海开发中的产业结构优化研究——利用麦肯锡矩阵对南通沿海开发中海洋主导产业选择分析》荣获江苏省哲学社会科学一等奖，朱天高、刘天鹏等论文分获二、三等奖。