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学校学科特色鲜明，科研基础坚实。现有省部级以上重点学科26个，其中国家中医药管理局重点学科12个、山西省特色重点一级学科1个。学校是国家中药现代化科技产业(山西)基地、国家国际科技合作基地、国家中医药科技合作基地，牵头组建了山西省首批“2011”重点创新基地“现代中药&药食同用中药产业技术协同创新中心”。现有省部级以上重点实验室8个、省级科技创新团队3个。近五年，共获得科研经费2.6亿元，获得省部级以上科技奖励39项。

学校学术气氛活跃，对外交流广泛。连续多年承办商务部举办的国际针灸技术培训班，与英国、澳大利亚、新西兰、日本、韩国等20余个国家的学术机构建立良好合作关系。学校与振东集团、澳大利亚阿德莱德大学联合建立了中-澳分子中医药学研究中心，是我国第一个以国际化产学研联合模式设在西方著名综合大学的中医药联合研究中心。