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1925年(民国十四年)，綦江中学堂得以恢复，更名为“綦江中学校”，学制为初高中各三年，原修身课改为公民课，增设博物、理化等课程。因理化、英文老师缺乏，规定的课程未完全开足。一年后，因经费支绌而停办。民国十五年(1926年)，时局动荡，军阀混战，綦江土匪频仍，学校难于恢复。
1927年(民国十六年)，四川防军二十一军军长刘湘委任孙一中为綦江教育局长，孙一中乃柬邀全县教育界人士集议，向刘湘呈请，得到川康督办秘书长刘鸿业之助，以附加契税和屠宰税为基金，恢复綦江中学校。校址仍在中街考棚(今中山路小学)，孙一中兼任校长，是年招生一个班，初基始定。
1928年(民国十七年)春，孙一中奉调任川康督办公署政务视察员，由黄晴初继任校长。黄校长垫支三百余元办学一年，因经费缺乏，招生困难，学校再一次停办。
1929年(民国十八年)，时局变面，邑人意见分歧，主张停办。
1930年(民国十九年)，綦江县长吴国义呈上峰批准，在綦江县立第一小学内，附设初中男生一个班，次年再招收男生一个班，由该小学校长田斗寅兼管。同时还在县立第一女子小学附设初中班，招收女生。这两个班形成了綦江中学的第一、二班。据綦江县立第一小学校长田斗寅在《日知杂录》中说县里“推余长校”，故田斗寅为这一时期綦江中学校长。后又因经费困难，再度停办。
1932年(民国廿一年)，孙一中又奉刘湘之令，再任校长。将县立第一小学初中班改建为“綦江县立初级中学校”。当年招生男生一个班，为綦中第三班。此时，全校共三个班，90人，教职工12人，改校名为“綦江县立初级中学校”。
1933年(民国廿二年)春，县立第一女子小学附设初中班，因经费困难，教师缺乏停办。
1936年(民国廿五年)春，省教育厅派许仁接任校长，呈请教育厅，增设女生部，男女生分部编班授课，招收男生中七班，女生中一班。是年始制定綦中校旗、校歌、校徽。从1910年起至1938年(民国廿七年)止，校址一直在中街考棚(今古南镇中山路小学)，中一班到中六班的学生均在这个老校址毕业(学生名单附表)。
1939年(民国廿八年)，因避日机空袭，校址几度搬迁，先后迁徙永新张家沟、北渡南山坪，城里的城隍庙(现县粮食局内)。
1945年(民国三十四年)起，始在城西官山坡(即欧家湾，今实验中学)修建数幢木架瓦盖平房作为固定校址，并设女生部于连城庄。
1947年(民国三十六年)，吴克家接任校长，应各方之企，增设高中班。此时高中男女生共50余人，更校名为“綦江县立中学校”(因属完中)，并制题校训“持身以谨，对人以诚;治学以恒，立事以勤”。全校学生除上正课外，初步开展了球类、越野、演讲、生产、壁报、歌咏等课外活动。高中校舍建成后，用余屋一间陈列书报，供师生阅读。
