长寿中学始建于1904年，由时任长寿知县唐我圻在凤山书院的基础上倡导创办，选址县城东面的林庄坝，时名“长寿县立高等小学堂”，并附设师范传习所。
1908年，学校招收小学一班，两年后停办。1908年，该传习所为“县立师范”、收三年制，五年制学生各一班。
1923年，学校又招初中一班。
1924年上期，学校改名为“长寿县立高等小学校”，下期又改为“长寿县立第一小学”。
1925年，学校再易名“长寿国民师范”，附设小学、中学。
1927年，再次改为“师、中小合校”。
1928年，成立为“长寿县立初级中学校”，将国民示范改为附设师范科，招收三年制师范生一班。
1933年，“长寿县立女子中学”合并入长寿县立初级中学，另建校舍南门外李家院子，仍名县立初级中学女生部。
1943年，学校又附设师范一班。
1944年下期，将女生部分出另成立“长寿县立初级女子中学校”。
1946年，师范班停止招生，增设高中，春秋两季招初中。至1949年，学校有高中三个班，学生114人;初中9个班，学生484人。
解放后，1950年初，长寿县人民政府将女生部合并，改为川东区长寿县长寿中学。
1952年，学校更名为“四川省长寿第一初级中学”。
1954年起，学校开始招收高中新生，改名为“四川省长寿中学校”。
1959年，长寿划归重庆市管辖，学校更名为“重庆市长寿县长寿中学”。
1966年，因文化大革命，学校停课。
1968年，学校复课。
1972年，长寿县农职中合并入学校。
1977年，学校复名为“四川省长寿中学校”。
1984年，经原四川省人民政府批准为重点中学，是原四川省重庆市27所重点中学之一。
1995年，学校被评为重庆市社会主义文明礼仪示范学校。
1997年，重庆直辖后，学校改名为重庆市长寿中学校。
1999年，学校被评为重庆市绿色学校。
2001年，学校被确认为重庆市首批38所重点中学之一。 是年，学校获评重庆市教育科研先进单位。
2003年，学校被评为重庆市德育示范学校。
2006年9月，学校整体搬迁至桃花新城。
2009年，学校被评为重庆市园林式单位。
